Можжевельник обладает сильными фитонцидными свойствами. Индейцы Северной Америки для лечения туберкулёза кожи, костей и суставов помещали больных в заросли этого растения, где воздух насыщен летучими выделениями.
В качестве лекарственного сырья используют плод можжевельника обыкновенного (лат. Fructus Juniperi communis, Baccae Juniperi), который собирают осенью и сушат при температуре до 30 °С или под навесами
[4]. Собирая ягоды, встряхивают куст или постукивают палкой по ветвям. Зрелые ягоды легко опадают на подостланную под куст рогожу или холст. Сушить следует только зрелые ягоды буровато- или фиолетово-чёрного цвета, блестящие, иногда с голубоватым налётом. Недозрелые ягоды, плодоножки должны быть удалены. Кондиционные сушёные ягоды должны быть чёрно-бурого или фиолетового цвета, иногда с голубым восковым налётом, со сладковато-пряным вкусом, при растирании — с ароматическим смолистым запахом, влажностью не выше 20 %
[7].
Из полученного из незрелых шишкоягод можжевёлового эфирного масла делают иммерсионное масло для микроскопических исследований и освежающие эссенции. Из древесины путём сухой перегонки получают так называемое пригорелое можжевёловое терпентинное масло («можжевёловый дёготь»), рекомендуемое как наружное болеутоляющее и отвлекающее средство.
В медицине употребляют шишкоягоды как мочегонное, дезинфицирующее мочевыводящие пути, отхаркивающее, желчегонное и улучшающее пищеварение средство, при поносах, метеоризме. Плоды входят в состав мочегонных сборов
[4]. Эфирное масло из хвои обладает сильными дезинфицирующими свойствами, им лечат трихомонадный кольпит.
В народной медицине их использовали внутрь при отёках, малярии, заболеваниях почек, цистите, при белях, подагре, ревматизме, в составе смесей при метаболическом полиартрите; наружно — как отвлекающее и болеутоляющее средство для полосканий при воспалении дёсен, при мокнущем лишае, чесотке. Корни употребляли при туберкулёзе, бронхите, язвенной болезни желудка, кожных болезнях; отвар веток — при аллергии.
Применение шишкоягод противопоказано при воспалении почек, так как оно может вызвать появление крови в моче, серьёзные отравления и усиление воспалительного процесса.
