Барбарис обыкновенный — высокий (до 2,5 м), сильно ветвистый, колючий кустарник с ползучими, одревесневающими корневищами. Кора снаружи светло-бурая, внутри тёмно-жёлтая. Побеги гранистые, прямостоящие, желтоватые или желтовато-пурпурные, позднее беловато-серые.
Почки длиной до 1 мм, острые, голые, окружённые расширенными остающимися влагалищами листьев. На укороченных побегах развиваются нормальные листья, на удлинённых вместо листьев — колючки. Листья — очерёдные тонкие, обратнояйцевидные или эллиптические, длиной до 4 см, шириной 2 см, к основанию клиновидно суженные, с закруглённой, реже несколько заострённой верхушкой, мелко- и остро-зубчато-пильчатые, на коротких черешках. Колючки в числе трёх—пяти, обычно трёх-, реже пятираздельные, длиной 1—2 см.
Кисти 15—25-цветковые, длиной до 6 см. Цветки — жёлтые, диаметром 6—9 мм. Каждый цветок имеет по шесть обратнояйцевидных чашелистиков и лепестков. Кисть состоит из 15—25 цветков. В основании цветка — ярко-оранжевые нектарники. Пестик один, тычинок шесть, супротивных лепесткам. Завязь верхняя, одногнёздная с сидячим головчатым рыльцем[2].
Формула цветка:
[3].
Плод — ягода, продолговато-эллиптическая, ярко-красная или пурпурная, длиной до 12 мм, имеет кислый вкус. Семена длиной 4—7 мм, несколько сплюснутые и суженные в верхней части. В 1 кг 83,3 тысяч семян; вес 1 тысячи семян 11—13 г.
Цветёт в апреле — мае. Плоды созревают в сентябре — октябре.