Кислица обыкновенная — зимнезелёное[3] приземистое бесстебельное травянистое многолетнее растение, достигает в высоту 5—12 см.
Корневище тонкое, ползучее. Корни кислицы обыкновенной заражены грибами. Гифы гриба-фикомицета проникают внутрь клеток коры корня (эндотрофная микориза) и образуют там древовидные разветвления (арбускулы) или пузыревидные вздутия (везикулы). В субэпидермальных клетках тело гриба (мицелий) долго остается живым, а в слое переваривающих клеток (фагоцитах) происходит переваривание арбускул (тамнискофагия)[2].
Листья — длинночерешковые, тройчатые, мягкие. Листочки обратносердцевидные, цельнокрайные. Перед наступлением ночи или ненастной погоды листочки складываются и поникают. На вкус они кисловаты, так как содержат соли щавелевой кислоты. Русский ботаник А. Ф. Баталин в 1872 году в диссертации «О влиянии света на образование формы растений» впервые указал на способность кислицы обыкновенной опускать листья на сильном свету и от механического раздражения: движение листьев под влиянием этих факторов происходит в результате изменения тургорного давления в клетках подушечек сочленений листьев[2].
Цветоносы длиной 5—10 см.
Цветёт в конце весны — начале лета (май — июнь)[4]. Цветки одиночные, на длинных цветоножках, белые с розово-фиолетовыми жилками и жёлтым пятном в основании. Чашелистики овальные, тупые, сверху голые, по краю опушённые. Опыление цветков кислицы обыкновенной, связанной с таёжным типом растительности, представляет собой особый случай. Цветки мономорфны, но наряду с открытыми (хазмогамными) цветками имеются закрытые (клейстогамные) цветки. У хазмогамных цветков рыльца и пыльца созревают одновременно, но они не могут прийти в соприкосновение, так как рыльца на 1/3 превышают высоту пыльников. Самоопылению цветков способствуют насекомые. В том случае, когда насекомыми осуществляется случайно перекрёстное опыление, завязываются семена. Клейстогамные цветки очень мелкие (около 3 мм) в сравнении с хазмогамными (диаметром около 2 см) и похожи на бутоны. Они обычно скрыты в листовой подстилке и появляются только когда начинается созревание семян у хазмогамных цветков. У клейстогамных цветков лепестки упрощены до крошечных чешуй, столбики короткие, пыльники не вскрываются, а пыльца прорастает внутри их и пыльцевые трубки проникают через стенку пыльника и ориентируются в направлении рыльца. Клейстогамия у кислицы обыкновенной — важнейшее приспособление к условиям темнохвойной тайги. Сильное затенение и повышение увлажнения вызывает увеличение числа клейстогамных цветков и уменьшение хазмогамных[2].
Плод — пятигнёздная локулицидная коробочка; вскрывается путём разрыва гнезд. Семена после созревания выбрасываются из коробочки на большое расстояние. Семена распространяются муравьями (мирмекохория).